Sonderforschungsbereiche sind auf eine Dauer von bis zu 12 Jahren angelegte Forschungseinrichtungen der Hochschulen. Hier arbeiten Wissenschaftler*innen fächerübergreifend zusammen. So werden innovative, aufwendige und langfristige Forschungsvorhaben durch Koordination und Konzentration von Personen und Ressourcen an der Medizinischen Fakultät realisiert und ermöglichen eine institutionelle Schwerpunkt- und Strukturbildung gemäß der drei Forschungsschwerpunkte der Fakultät.

Die Medizinische Fakultät der Universität zu Köln hat derzeit 3 Sonderforschungsbereiche.

Zudem sind Wissenschaftler*innen der Medizinischen Fakultät der Universität zu Köln an weiteren Sonderforschungsbereichen und Transregios beteiligt.