Die Medizinische Fakultät gehört mit der Philosophischen, der Juristischen und der Theologischen Fakultät zu den Gründungslehrstühlen der Universität zu Köln. Die Stiftungsurkunde der Hohen Schule wurde zwar von Papst Urban VI. unterzeichnet, jedoch ging die Initiative nicht vom Kaiser oder einem Fürsten aus, sondern vom Rat der Freien Reichsstadt Köln, die auch die Kosten für den Lehrbetrieb übernahm.

1388 unterschreibt Papst Urban VI. in Perugia die Stiftungsurkunde der Universität, nach Prag (1348), Wien (1365) und Heidelberg (1386) die viertälteste Universitätsgründung im spätmittelalterlichen Deutschen Reich. Während viele andere Universitäten ihre Entstehung der Initiative bedeutender Regenten verdanken, sind es in Köln, der alten Colonia Agrippinensium (im Jahre 50 nach Christus unter dem römischen Kaiser Claudius aus der Famlilie des Augustus zur Colonia - oder Stadt römischen Rechts - erklärtes ehemaliges Oppidum Ubiorum - also Behausung der Ubier), die Bürger*innen der Stadt, welche die Universität errichten.

Schon in der Frühen Neuzeit erwarb die Fakultät ein hohes Ansehen bei Studierenden und Professoren.

Die Kölner Medizinische Fakultät, als eine der Gründungsfakultäten der "universitas" – also der zusammenschließenden Gemeinschaft von Lehrenden und Lernenden in Köln – konnte nach wechselvoller Geschichte Ende des 18. Jahrhunderts auf sowohl ein beachtliches Ansehen – Studierende und Gelehrte aus vielen berühmten Fakultäten waren hier immatrikuliert – als auch einen Lehrcorpus von 13 Dozenten, von denen 8 Ordinarien waren, sowie ca. 60 Studierende zurückblicken. Unter der Leitung der letzten Dekane wurde sogar das sonst eher konservative Repertoire an Lehrveranstaltungen um das damals im deutschsprachigen Bereich noch sehr selten vertretene Fach der "Kinder Krankheiten" ergänzt. Neben diesem wurden zu dem Zeitpunkt in dem damals dreijährigen Studium die Materia Medica, Chemie, Pathologie, medizinische Praxis, Anatomie, Physiologie, Chirurgie, Geburtslehre und in Spezialvorlesungen auch die Gerichtsmedizin und Naturgeschichte behandelt. 15 Jahre später wird Goethe die Kölner Universität für seine "ausgezeichneten Lehrer" gelobt haben.

1798 wird die "Alte Universität" durch Napoleon geschlossen und an ihre Stelle tritt die Kölner Zentralschule, die "L'université de Cologne organiseé en école centrale", die noch bis einschließlich September 1804 den Unterricht in den alten, ehemals kirchlichen Gemäuern auf der Marzellenstraße aufrecht erhielt. 

Nach Aufhebung der „Alten Universität“ durch Napoleon 1798 kam es 1919 zur Eröffnung der „Neuen Universität“ – erneut durch den Rat der Stadt; die "Akademie für praktische Medizin" und das Klinikum „auf der Lindenburg“ zählten zu den entscheidenden Gründungsbausteinen. 

1919 wird die Universität mit der Wirtschafts- und Sozialwissenschaftlichen Fakultät zunächst, dann aber u. a. gefolgt von der Medizinischen Fakultät (die aus der 1904 gegründeten ersten "Akademie für praktische Medizin" des Deutschen Reiches hervorgeht) durch den Rat der Stadt neu gegründet. Erst 1954 wird die Trägerschaft vom Land Nordrhein-Westfalen übernommen.

Das Verhalten der Kölner Medizinischen Fakultät während des Nationalsozialismus glich im wesenlichen dem anderer Fakultäten der Universität zu Köln: hochverdiente Kollegen und Wissenschaftler wurden ab 1934 ohne erkennbaren Widerstand der nationalkonservativ eingestellten Institution zwangsweise in den Ruhestand versetzt oder mussten emigrieren. 24 Promovierten wurde der medizinische Doktorgrad entzogen. Dadurch verlor die deutsche Hochschulmedizin in vielen Bereichen den Anschluss an die internationale Entwicklung. Der Widerstand gegen Gleichschaltung und Einflussnahme der Partei beschränkte sich auf einzelne, meist private Aktionen. 1934 bis 1945 wurden die Dekane nach dem Führerprinzip unmittelbar vom Rektor ernannt. Einzelne Institute und Kliniken betrieben eine ideologienahe Wissenschaft - vor allem in den Bereichen Rassenhygiene, Kastration und Hirnforschung. Wehrdienst von Professoren und Dozenten sowie Kriegsschäden beeinträchtigten Lehrbetrieb und Krankeversorgung dramatisch und führten zu einer vollständigen Auslagerung der Kliniken. 

1954 übernahm das Land Nordrhein-Westfalen die Trägerschaft der Hochschule. Auch im Bereich der Heilkunde war und ist die akademische Ausrichtung stets eng verbunden mit den politischen Entwicklungen und gesellschaftlichen Herausforderungen. Dies spiegelt sich sowohl in der Forschungsausrichtung als auch in der Weiterentwicklung des wissenschaftlichen Unterrichts.

Die Medizinische Fakultät der Universität zu Köln gilt heute bei Studiumsanwärter*innen als einer der beliebtesten Standorte in Deutschland und genießt mit mehr als 60 Instituten und Kliniken sowie kooperierenden Einrichtungen national und international einen hervorragenden Ruf.

Albert Dietrich (1873 - 1961): 1919 - 1920
Paul Frangenheim (1876 - 1930): 1920 - 1921
Reiner Müller (1879 - 1953): 1921 - 1922, 1928 - 1929
August Pröbsting (1860 - 1944): 1922 - 1923
Ferdinand Zinsser (1865 - 1952): 1923 - 1924
Franz Külbs (1876 - 1964): 1924 - 1925
Otto Tilmann (1862 - 1934): 1926 - 1927
Otto Siegfried Karl Johann Veit (1884 - 1972): 1927 - 1928
Gustav Aschaffenburg (1866 - 1944): 1929 - 1930
Rudolf Grashey (1876 - 1950): 1931 - 1932
Ernst Leupold (1884 - 1961): 1932 - 1933
Friedrich Bering (1878 - 1950): 1933 - 1934
Hans Kleinschmidt (1885 - 1977): 1935 - 1937
Hans Naujoks (1892 - 1959): 1937 - 1938
Hans Lullies (1898 - 1982): 1938 - 1941
Alfred Güttich (1883 - 1948): 1930 – 1931, 1942 - 1945
Josef Schüller (1888 - 1968): 1925 - 1926, 1945 - 1946, 1950 - 1951
Karl vom Hofe (1898 - 1969): 1946 - 1947, 1952 - 1954
Ernst Klenk (1896 - 1971): 1947 - 1948
Carl Bennholdt-Thomsen (1903 - 1971): 1948 - 1949
Hans Schulten (1899 - 1965): 1949 - 1950
Werner Scheid (1909 - 1987): 1951 - 1952
Matthias Hackenbroch (1894 - 1979): 1954 - 1955
Karl Friedrich Schmidhuber (1895 - 1967): 1955 - 1957
Leonhard Bernhard Seiferth (1899 - 1990): 1957 - 1958
Wilhelm Tönnis (1898 - 1978): 1958 - 1959
Carl Kaufmann (1900 - 1980): 1959 - 1960
Friedrich August Lentze (1900 - 1986): 1960 - 1962
Hans Friedrich Zipf (1911 - 1969): 1962 - 1963
Max Schneider (1904 - 1979): 1963 - 1964
Norbert Schümmelfeder (1916 - 1965): 1964 - 1965
Rolf Ortmann (1913 - 1994): 1965 - 1966
Georg Heberer (1920 - 1999): 1966 - 1967
Wilhelm Schink (1916 - 2004): 1967 - 1968
Rudolf Wolfgang Johannes Gross (1917 - 2008): 1968 - 1969
Hans Hirsch (1921 - 2004): 1969 - 1970
Gerd Klaus Steigleder: *1925: 1970 - 1971
Albrecht Stammler (1918 - 2009): 1971 - 1972
Robert Fischer (1930 - 2015): 1973 - 1974
Gerhard Pulverer *1930: 1974 - 1975
Werner Kaufmann (1924 - 2013): 1975 - 1976
Friedrich Wilhelm Klußmann: *1929: 1976 - 1978
Hans Hermann Hilger (1928 - 2022): 1978 - 1979
Rudolf Voß *1926: 1979 - 1980
Achim Bolte (1928 - 1997): 1980 - 1981
Heinz Pichlmaier (1930-2019): 1981 - 1982
Hansjürgen Hirche (1929-2014): 1982 -  1983
Michael Staak (1933-2019): 1983 - 1984
Wolfgang Klaus *1934: 1984 - 1985
Harald Dalichau *1934: 1985 - 1986
Wolf Isselhard (1930-1998): 1972 - 1973, 1986 - 1991
Walter Rüßmann *1939: 1991 - 1995
Conrad A. Baldamus (1940-2024): 1995 - 1997
Gerhard Krüger (1936-2020): 1997 - 2000
Gerd Lehmkuhl *1948: 2000 - 2004
Edgar Schömig *1960: 2004 - 2006
Joachim Klosterkötter *1946: 2006 - 2011
Thomas Krieg *1949: 2011 -2019
 

Gereon R. Fink *1964: seit 2019 (2. Amtsperiode 2023 gestartet)