Zusätzlich beteiligt sich die Medizinische Fakultät in einer engen Kooperation mit anderen Fakultäten der Universität zu Köln, sowie anderen Hochschulen an mehreren anderen Studiengängen. Hierzu gehört die Gesundheitsökonomie (B. Sc. & M. Sc. mit der Wirtschafts- und Sozialwissenschaftlicher Fakultät), der Studiengang Biochemie (B. Sc. mit der Mathematisch Naturwissenschaftlicher Fakultät), sowie die Versorgungswissenschaft (M. Sc. mit der Humanwissenschaftlicher Fakultät), ein International Master of Environmental Sciences (IMES) (M. Sc. & M.Sc.hochschulübergreifender Studiengang, angesiedelt bei der Rechtswissenschaftlichen Fakultät), Drug Discovery and Development (M.Sc. mit der Technischen Hochschule Köln) und schließlich der Studiengang Gender und Queer-Studies (M. Sc. fakultätsübergreifender Studiengang).