Die Kölner Universität war die erste, die im NS-Staat gleichgeschaltet wurde. Am 11. April 1933 wurde mit Ernst Leupold der erste NS-Rektor der Kölner Uni gewählt, im Oktober 1933 wurde in Berlin die akademische Selbstbestimmung der Hochschulen aufgehoben.

Das Verhalten der Kölner Medizinischen Fakultät während des Nationalsozialismus glich im wesenlichen dem anderer Fakultäten der Universität zu Köln: Hochverdiente Kollegen und Wissenschaftler wurden ab 1934 ohne erkennbaren Widerstand der nationalkonservativ eingestellten Institution zwangsweise in den Ruhestand versetzt oder mussten emigrieren. 24 Promovierten wurde der medizinische Doktorgrad entzogen. Dadurch verlor die deutsche Hochschulmedizin in vielen Bereichen den Anschluss an die internationale Entwicklung. Der Widerstand gegen Gleichschaltung und Einflussnahme der Partei beschränkte sich auf einzelne, meist private Aktionen. 1934 bis 1945 wurden die Dekane nach dem Führerprinzip unmittelbar vom Rektor ernannt. Einzelne Institute und Kliniken betrieben eine ideologienahe Wissenschaft - vor allem in den Bereichen Rassenhygiene, Kastration und Hirnforschung. Wehrdienst von Professoren und Dozenten sowie Kriegsschäden beeinträchtigten Lehrbetrieb und Krankeversorgung dramatisch und führten zu einer vollständigen Auslagerung der Kliniken. 

Die historische Aufarbeitung der NS-Zeit in der Universitätsmedizin geschah bislang punktuell: Zu den 45% Ärzten, die der NSDAP, und zu den 26%, die der SA beitraten, zählte u.a. auch der Leiter der Kölner Universitätsfrauenklinik, Hans Naujoks, der sein Agieren als Klinikchef deutlich nach den Doktrinen des Nationalsozialismus ausrichtete. In der Festschrift des Universitätsklinikums Köln "100 Jahre Klinik auf der Lindenburg" (2008, S. 99ff.) hat Irene Franken sein Wirken erstmalig aufgearbeitet. 

In einem Forschungsprojekt des Instituts für Geschichte und Ethik der Medizin (kommissarische Leitung: Prof. Dr. Axel Karenberg) hat der Historiker und Privatdozent Dr. Ralf Forsbach die Geschichte der Medizinischen Fakultät der Universität zu Köln während der NS-Zeit in den Blick genommen. Die im Böhlau-Verlag erscheindende Abhandlung liegt seit Mitte Juli 2023 vor. Das 325 Seiten starke Buch schildert die Haltungen wichtiger Akteure, etwa der Klinik- und Institutsdirektoren sowie des städtischen Gesundheitsdezernenten Carl Cörper, erinnert aber auch an die Verfolgten.

Die Kölner Universitätsmedizin war in der NS-Zeit an Unrecht und Verbrechen beteiligt. So wurden Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter aus ideologischen Gründen entlassen und verfolgt, in Frauenklinik und Chirurgischer Klinik tausende Menschen zwangsweise sterilisiert. Auch Zwangsabtreibungen sind dokumentiert. Das Anatomische Institut profitierte von den Hinrichtungen politischer Häftlinge im Gefängnis "Klingelpütz". Opposition war selten, auch die Studierenden passten sich dem Regime an. Zugleich gab es in Nischen durchaus Spielräume für humanes Handeln, die aber oft ungenutzt blieben. Der Band ist reich bebildert und mit Personenregister und mehreren Übersichtstabellen z. B. zu den Parteimitgliedschaften ausgestattet. Dekan Univ.-Prof. Dr. Gereon R. Fink sagt: "Das Spannungsfeld zwischen der Forschung einerseits und durch die Ethik gesetzten Grenzen andererseits, zwischen dem Grundsatz, jedem Menschen bestmöglich ärztliche Hilfe zu gewähren und den von außen gesetzten Rahmenbedingungen zwingt uns alle auch heute dazu, stets neu über die Bedingungen und Grenzen unseres ärztlichen Handelns nachzudenken. Ich hoffe, dass dieses Buch hierzu einen bedeutsamen Beitrag leisten kann."

Joef Hlade in: HistRhen - Rheinische Geschichte I Wissenschaftlich bloggen vom 15.04.2024

"Es ist zu hoffen, dass diese Forschungslücken in Zukunft geschlossen werden können und Forschungen zu Personen und Einrichtungen der Kölner Medizinischen Fakultät noch zusätzlich vertieft werden. Diese nun vorliegende Arbeit hat in Bezug auf die Universität Köln eine wichtige Grundlage für jede weiterer Beschäftigung mit der Zeitspanne von 1933 bis 1945 geschaffen und stellt damit einen sehr beachtlichen und wertvollen Beitrag für die Forschung dar."